1、注册流程不同 在微信公众平台注册的小程序的时候，因为个人小程序注册主体是个人用户，所以它的注册流程比较简单，只需个人身份信息验证即可。 但是，企业小程序注册流程就相对繁杂，不仅需要提供管理者身份信息的同时，另外还需要企业各项资质、对公账号等一系列的证明材料，包括认证费用。
2、卡券 在微信里，卡券的分类众多，其中就包含了具有储值功能会员卡，像这种会员卡涉及到用户财产安全的接口肯定会受到严格的监管，而个人主体注册的小程序风险大，微信自然不能让你使用。
3、部分能力限制 个人版小程序无法完整地使用小程序的接口和能力，比如不能开通附近的小程序功能、微信支付功能、不支持卡券包权限、无法获取用户手机号等信息授权。个人主体的小程序，不能使用附近的小程序功能。以上功能对企业微信小程序来说均能实现。 附近的小程序功能，是微信为了方便用户快速寻找隐藏在附近的服务，目前，只有组织类小程序才能开通此项功能。
4、服务类目不同 个人版小程序的服务类目主要为有特定需求的针对性群体提供服务。 企业版的小程序服务类目的受众群体较为广泛，主要是针对大众提供服务群体。
